Đại học KHCN Đông Nam được thành lập ào những năm 1960, Người sáng lập Jiang Zhi-ping đã quảng bá “Viện Kỹ thuật Công nghiệp Tungnan” trong bối cảnh công nghiệp trong nước cất cánh và thiếu hụt nhân tài kỹ thuật có trình độ. Ngày 28/8/1970, theo sự ủy quyền của Bộ Giáo dục bắt đầu tuyển sinh.
Những năm 1990, trước sự phát triển của công nghiệp và thương mại, trường đã có kế hoạch nâng cấp và cải cách hệ thống. Ngày 01/8/2000, Viện Kỹ thuật Tung Nam được chuyển đổi tư cách cơ sở; và với nỗ lực phối hợp của các giảng viên và nhân viên được đổi tên thành đại học KHCN Đông Nam vào năm 2007.
Để đối phó với ảnh hưởng của Tỷ lệ sinh thấp, trường đã điều chỉnh các khoa nhằm đạt được mục tiêu sử dụng hiệu quả các nguồn lực giáo dục cũng như nâng cao chất lượng giảng dạy. Mười lăm khoa đã thông qua chứng nhận IEET vào năm 2017, đây là trường Đại học duy nhất đã vượt qua IEET từ năm 2003 đến nay.
TNU được coi là một trong những trường đại học tốt nhất ở Đài Loan, thu hút hàng nghìn sinh viên từ khắp các quốc gia trên thế giới, đặc biệt là các nước Châu Á.
Dưới sự lãnh đạo của người sáng lập và sự nỗ lực của toàn bộ giáo viên, Đại học Khoa học & Kỹ thuật Đông Nam đã nhiều lần được Bộ xếp hạng là một tổ chức giáo dục đại học cấp một của Bộ của giáo dục. Bên cạnh đó, dự án giảng dạy của Đại học Khoa học & Kỹ thuật Đông Nam đã được Bộ Giáo dục trao giải xuất sắc vào năm 2007 và 2008.
Theo UniRank, Đại học Khoa học & Kỹ thuật Đông Nam có xếp hạng thứ 109 tại quốc gia và thứ 7432 trên thế giới.
